სამონასტრო გაერთიანება გარეჯში ათცამეტ ასურელ მამათაგან ერთ-ერთის, წმ. დავითის მიერ იქნა დაფუძნებული. VI საუკუნეში წმ. დავითი თავის მოწაფე ლუკიანესთან ერთად დამკვიდრდა გარეჯის უდაბნოში, პატარა ბუნებრივ ქვაბში. ასე ჩაეყარა საფუძველი მონასტერს, რომელსაც შემდგომში წმ. დავითის ლავრის სახელი დაუმკვიდრდა. ღირსი მამის სიცოცხლეშივე დაფუძნდა ახალი სავანეები, რამდენიმე ასწლეულის შემდგომ კი მათი რიცხვი საგრძნობლად გაიზარდა და ორ ათეულს გადააჭარბა. ასე ჩამოყალიბდა მრავალმთის ვრცელ ტერიტორიაზე ერთმანეთისგან დაშორებულ ქვაბოვან კომპლექსთა გაერთიანება, რომელშიც შედიოდა წმ. იოანე ნათლისმცემლის, წმ. დოდოს, თეთრი უდაბნოს, წამებულის, უდაბნოს, ბერთუბნის, საბერეების, ქოლაგირის, დიდი ქვაბების, ვერანგარეჯას, პირუკუღმარის  და სხვა მ ონასტრები, დიდი და მცირე განსაშორები.

გარეჯში სამონასტრო აღმშენებლობამ ახალი მასშტაბები IX საუკუნეში წმ. ილარიონ ქართველის მოღვაწეობის პერიოდში შეიძინა, მწვერვალს კი საქართველოს პოლიტიკური და კულტურული აღმავლობის პერიოდში, XII-XIII საუკუნეების მიჯნაზე მიაღწია. გარეჯში ადრევე ჩამოყალიბდა სამოწესეო ცხოვრებისა და აღმშენებლობის ადგილობრივი ტრადიცია, ფერწერის თვითმყოფადი, სრულიად გამორჩეული სკოლა; აქ მრავალი ასწლეულის მანძილზე არსებობდა თავისი მნიშვნელობით გამორჩეული სამწიგნობრო ცენტრი; მონასტერთა ნაწილს ჰქონდა ხელნაწერ და ნაბეჭდ წიგნთა უმდიდრესი ბიბლიოთეკები. გარეჯის მონასტრებში მოღვაწეობდნენ  შემონაზვნებული მეფე დემეტრე I,  სულხან-საბა ორბელიანი, კათოლიკოსები ბესარიონ ბარათაშვილ-ორბელიშვილი, ნიკოლოზ ჩერქეზიშვილი, ანტონ I, ტიმოთე გაბაშვილი, გაბრიელ მცირე და მრავალი სხვა.

საუკუნეების მანძილზე გარეჯის სავანეები მრავალჯერ დანგრეულა და აღუდგენიათ. მონასტერთა ნაწილი მტრის შემოსევების შედეგად ადრევე გაუკაცრიელდა.

წმ. იოანე ნათლისმცემლის მონასტერი გარეჯის ერთ-ერთი უძველესი სასულიერო კერაა. იგი მრავალმთის დასავლეთ ნაწილში, წმ. დავითის ლავრიდან 8 კილომეტრის დაშორებით მდებარეობს. ადგილობრივი სამონასტრო გადმოცემა აქ სავანის დაფუძნებას VI საუკუნეში წმ. დავით გარეჯელის უპირველეს მოწაფეს, წმ. ლუკიანეს სახელს უკავშირებს. წმ. იოანე ნათლისმცემლის მონასტერი გარეჯის წმ. დავითის ლავრის, წმ. დოდოს და ბერთუბნის მონასტრებთან ერთად საქართველოს ერთ-ერთ უმნიშვნელოვანეს სასულიერო კერას წარმოადგენდა. მონასტერში ცხოვრება ასწლეულების მანძილზე, VI საუკუნის მეორე ნახევრიდან მოყოლებული ვიდრე XX საუკუნის დასაწყისამდე უწყვეტად გრძელდებოდა. გამოქვაბული კომპლექსი თავისი ხანგრძლივი არსებობის მანძილზე არაერთხელ განუახლებიათ IX, XI, XII-XIII, აგრეთვე XVIII-XIX საუკუნეებში.
 
მონასტერი ამჟამინდელი სახით გარეჯის სავანეთა შორის ერთ-ერთი ყველაზე ვრცელია და რამდენიმე იარუსად განლაგებულ სხვადასხვა დანიშნულების სამ ათეულზე მეტ გამოქვაბულ სათავსს (ეკლესია-სამლოცველოებს, სატრაპეზოს, სენაკებს, დასაკრძალავს და სხვ.) აერთიანებს. კლდის მასივში, დაახლოებით სამასი მეტრის სიგრძეზე სამ იარუსად გამოკვეთილ კომპლექსში მკაფიოდ გამოიყოფა ცენტრალური ნაწილი _ საკრებულო ტაძარი, სატრაპეზო, წინამძღვრის სახლი. მათთან ერთად, მაღალი, გოდოლებიანი გალავნით სამხრეთიდან შემოზღუდული სხვადასხვა დროის ქვაბ-სამლოცველობი. მონასტერში შემონახულია XI-XIII საუკუნეების უნიკალური ფრესკები

წმ. იოანე ნათლისმცემლის მონასტერში სამონასტრო ცხოვრება XX საუკუნის პირველ ორ ათწლეულშიც გრძელდებოდა. 1921 წლიდან, მონასტერი დაცარიალდა, მისი ქვაბ სამლოცველოები, იქ დაცული სიწმინდეები და სიძველეები გაპარტახდა და განადგურდა. სამონასტრო ცხოვრების აღდგენა მხოლოდ 1990 წლიდან გახდა შესაძლებელი.

წმ. იოანე ნათლისმცემლის მონასტრის აღდგენაში აქტიურ მონაწილეობას იღებს ფონდი “ერთგულება.” ფონდის დახმარებით მონასტერთან ახლოს  გაკეთდა ბერების სენაკები, სატრაპეზო და წინამძღვრის რეზიდენცია.

ფონდის  “ერთგულება”  და საქველმოქმედო ფონდის ”ცისკარი” დახმარებით  მონასტერთან ახლოს აშენდა სასტუმრო სახლი და გაკეთდა ტაძრის კანკელი. ფონდის მონაწილეობით სარესტავრაციო სამუშაოები ჩუტარდა ძირითად ტაძარს და აღდგა სამრეკლო.