Монастырское объединение в Гареджи, основано одним из тринадцати сирийских отцов, св. Давидом. В VI веке св. Давид вместе со своим учеником Лукианом основался в Гареджской пустыне, в малой естественной пещере. Так  была заложена основа монастыря, за которым в последствии утвердилось имя Лавры св. Давида. Еще при жизни достойного отца были основаны новые обители, а через несколько сотен лет, их число значительно возросло и превысило два десятка. Так, на обширной территории многогорья было основано объединение отдаленных друг от друга пещерных комплексов, в которое входили: монастыри св. Иоанна Крестителя, св. Додо, белой пустыни, Мученика, пустыни, Бертубани, Саберееби, Колагири, Больших пещер, Верангареджа, Пирукугмара и другие монастыри, большие и малые отшельничьи кельи.

 В Гареджи возведение монастырей приобрело новые масштабы в период деятельности св. Иллариона Картвели (Грузина) в IX веке, а достигло своей вершины в период политического и культурного возвышения Грузии на границе XII-XIII веков. В Гареджи еще с ранних пор сформировалась местная традиция праведной жизни и строительства, самобытная, полностью отличная школа живописи; здесь на протяжении многих сотен лет существовал исключительный по своему значению книжный центр; часть монастырей имела богатейшие библиотеки рукописных и печатных книг. В Гареджском монастыре подвизались постригшийся царь Деметре I, Сулхан – Саба Орбелиани, Каталикосы Виссарион Бараташвили – Орбелашвили, Николай Черкезишвили, Антон I, Тимофей Габашвили, Гавриил Малый и многие другие.

На протяжении веков Гареджийские обители много раз разрушались и восстанавливались. Часть монастырей в результате нашествий давно стала необитаемой.

Монастырь св. Иоанна Крестителя один из древнейших духовных очагов Гареджи. Он находится в западной части многогорья, на расстоянии 8 километров от Лавры св. Давида. Местное монастырское предание основание здесь в VI веке обители связывает с именем первейшего ученика св. Давида, св. Лукиана. Монастырь св. Иоанна Крестителя, вместе с лаврой св. Давида, монастырями св. Додо и Бертубани являлся одним из значительнейших духовных очагов Грузии. Жизнь в монастыре в течение сотен лет, начиная со второй половины VI века до начала века XX продолжалась непрерывно. Комплекс пещер на протяжении долгих лет его существования не раз обновлялся в IX, XI, XII – XIII, а также в XVIII – XIX веках.

Монастырь в теперешнем виде – один из самых обширных среди обителей Гареджи, и объединяет расположенные на трех ярусах более трех десятков пещерных помещений разного назначения (церкви – молельни, трапезную, кельи, места погребения и др.). В скальном массиве, на высеченном приблизительно на протяжении трехсот метров в три яруса комплексе четко выделяется центральная часть – храм собраний, трапезная, дом настоятеля. Вместе с ними, ограниченные с юга крепостной стеной со сторожевыми башнями пещеры – молельни разного времени. В монастыре сохранились уникальные фрески XI – XIII веков.

В монастыре св. Иоанна Крестителя монастырская жизнь продолжалась и в первые два десятка лет XX века. С 1921 года монастырь опустел, его пещеры – молельни, хранившиеся там святыни, были разорены и уничтожены. Восстановление здесь монастырской жизни стало возможным только с 1990 года.

В восстановлении монастыря св. Иоанна Крестителя активное участие принимает Фонд «Ертгулеба». При помощи Фонда около монастыря был построен гостевой дом, были сделаны кельи монахов, трапезная и резиденция настоятеля. Были проведены реставрационные работы основного храма и колокольни.

С помощью Фонда «Ертгулеба» и благотворительного фонда «Цискари» около монастыря был построен гостевой дом, и был изготовлен иконостас храма. При участии Фонда были проведены реставрационные работы основного храма и восстановлена колокольни были  построены резиденция настоятеля, кельи монахов и трапезная.