Храм стоит в нескольких метрах от Синего Монастыря, он по заказу Кавказского царского наместника Голицына был построен в 1898 – 1901 годах. По преданию, именно на этом месте стоял основанный в VII веке Главный храм монастыря имени Иоанна Богослова.

Церковь принадлежала Мцхета – Тбилисской епархии, хотя молебны в ней возносились на русском языке. Сегодня богослужение идет на грузинском языке.

С помощью фонда «Ертгулеба» была проведена реставрация фасада храма.

Также была покрашена внутренняя часть храма и вход.