გადმოცემით სიონი ერთ-ერთი იმ ტაძართაგანი იყო, რომელიც მეფე ვახტანგ გორგასალმა ააგო თბილისში V ს-ის II ნახევარში. 570-80-იან წლებში ქართლის ერისმთავარმა გუარამ კურაპალატმა საფუძველი დაუდო სიონის ახალ ტაძარს. მშენებლობა, რომელშიც მონაწილეობდნენ როგორც ერისთავები ისე ქალაქის მოსახლეობა, დასრულდა ერისმთავ ადარნასეს დროს, 620-იან წლებში.

მომდევნო ხანაში სიონი არაერთხელ დაინგრა და აღდგა, დაზიანდა როგორც მტრის შემოსევის დროს ასევე სტიქიური უბედურებების დროს. XIX საუკუნის დამდეგისათვის ტაძარი საფუძვლიანად აღადგინეს, ხოლო იმავე საუკუნის შუა წლებში ხელახლა მოიხატა რუსი მხატვრის გ. გაგარინის ესკიზების მიხედვით. 1980-83 წლებში ტაძარი გარედან ახლად შემოსეს თლილი ქვით, ამავე დროს ტაძარს ჩრდილოეთიდან მიაშენეს წმ. ვახტანგ გორგასლის ეგვტერი.

სიონის ტაძარში ინახება საქართველოს მართლმადიდებელი ეკლესიის უდიდესი სიწმინდე - წმ. ნინოს ჯვარი. საკურთხეველში, ტრაპეზის ქვეშ დაფულია 550 წლის ახლოს მოწამებრივად აღსრულებული წმ. ევსტათი მცხეთელის ნაწილები.

ფონდის ხელშეწყობით 2009 წ. ჩატარდა სიონის ღმრთისმშობლის მიძინების საპატრიარქო ტაძრის ეზოს რეკონსტრუქცია. ასევე სასულიერო პირების მოსასვენებელი ოთახი და სატრაპეზო-სამზარეულოს რემონტი.