Точное время основания неизвестно, однако есть сведения, что к XIв. обитель уже существовала как усыпальница княжеского рода Орбелиани.

Основная крестовокупольная Бетанская церковь была возведена на месте разрушенного кирпичного храма X-XIвв.

Сохранились фрагменты росписей времени основания церкви. Среди росписи особенно выделяется фреска нижней части северной стены, выполненная ок. 1207 г., где изображены царь Георгий III, его дочь св. царица Тамара и ее сын Георгий-Лаша.

В середине XIX в. художник Г. Гагарин нашел заброшенный храм в горах, расчистил каменный завал и обнаружил портрет св. Тамары, что привлекло к памятнику внимание общественности.

В настоящее время это действующий монастырь, где монахи с большой любовью принемают всех посетителей.