ПоприданиюСиони былоднимизтеххрамов, которыхпостроилВахтангГоргасаливТбилисивовторой половине пятого века. В 570-80 годах, еристави Картли Гурам Курапалати заложил фундамент новому храму Сиони. Строительство, в котором принимали участие как и простое население, так и дворяне, закончилось при провительстре Адарнасе Еристави в 620 году.

В последующее время Сиони не раз был разрушен и построен заново из за многочисленных вторжений, также из за стихийных бедствий. К началу XIX века храм был фундаментально отремонтирован и примерно в середине этого же века заново расписаны стены храма по эскизам художника Г. Гагарина. В 1980-83 г.г. храм заново покрыли граненым камнем и в это же время с северной стороны храма построили часовню Святого Вахтанга Горгасали.

В храме Сиони храниться одно из главных богатств грузинской православной церкви – крест Святой Нино. В алтаре похоронены святые части Святого Евстате Мцхетели, мученически погибшего примерно в 550 году.

При поддержке фонда в 2009 году была проведена реконструкция двора храма, также ремонт комнаты покоя священнослужителей, трапезной комнаты и кухни.